Поговорим о том, как делать вопросительные и отрицательные предложения в Present Continuous Tense. Здесь время помогает строить глагол to be, а там, где есть глагол to be, действуют его правила.
Помните? Чтобы задать вопрос с глаголом to be надо было переставить глагол на место подлежащего (в начало предложения), а для того, чтобы сделать отрицание мы к глаголу to be добавляли отрицательную частицу not. Все эти правила сохраняются и здесь, а вот причастие I остается на своем месте без изменения: He is going. Is he going? He is not going. They are going. Are they going? They are not going. И так далее. Если вопрос более конкретный (куда, зачем, почему), то вопросительное слово ставим перед глаголом to be: Where are you going?

И еще раз давайте вспомним глаголы, у которых этого времени нет, то есть они выражают действие, как происходящее вообще (простое), даже если оно происходит в данный момент:
I see a plane in the sky. Я вижу самолет в небе (вижу в данный момент, но вижу, потому что способен видеть). Здесь вопрос и отрицание будет строить вспомогательный глагол do: Does he see a plane in the sky? He does not see a plane in the sky.
Другое дело: He is looking at the plane in the sky. Он смотрит на самолет в небе (в данный момент смотрит). Is he looking at the plane in the sky? He is not looking at the plane in the sky. Давайте их повторим и доучим.